6月6日，北京大学、清华大学、北京理工大学、中国科学院大学、北京化工大学、北京师范大学等首批20多所北京高校正式返校复课。按照教育部和北京市委市政府统一部署要求，6日起，北京具备校园疫情防控条件的高校，陆续安排毕业年级学生分批次返校复课。

6月6日开始，北京大学2020届毕业生分4个批次，从各地有序返校。全校师生员工精心营造暖心氛围，备足备齐物资保障，《北大学子返校指南》手册、防护口罩、“燕归2020”贴纸、PKU专属行李牌、消毒洗手液、健康包一应俱全，各个院系准备的学院师长给返校学生的一封信，更寄托着身在燕园的师生对远方学子们的牵挂。6日下午5时许，北京大学湖北籍200余名毕业生在12名思想政治辅导员的陪伴和带领下，分两批次返京入校。

在清华大学，6日一早，第一辆学生返校专车驶入紫荆门，当天约有120人回到清华园。非毕业年级学生随后分批次有序返校。一款名为“清华紫荆”的小程序正式对外发布，在校教职工和返校同学登录小程序，体温正常即显示绿色“紫荆码”，实现“手持紫荆码、畅行清华园”。